拥有1.8亿人口的巴基斯坦地处南亚，国土面积79万多平方公里，东边印度比邻，边界长2240公里，南面是阿拉伯海，西与伊朗接壤，边境长900多公里，西北和阿富汗相连，两国边境长2560公里，东北面与中国新疆接壤。
特殊的地理环境，以及历史和部落统治等复杂原因，使巴基斯坦反恐处于“敌友难分”尴尬境地。漫长的巴基斯坦阿富汗边界可以说有边无防，两国只在一些重要的边境地段建有隔离网，绝大多数地段连标示都没有。
由于财力军力有限，巴基斯坦在管理边境仅靠900多军事哨卡和巡逻部队，边境地区很多村子，一半在巴基斯坦，一半在阿富汗，两国边境地区的人都是普什图族，同祖、同文、同信仰、同习俗，对恐怖分子的渗透活动防不胜防。恐怖分子上午在巴基斯坦进行恐怖爆炸后，下午就逃回阿富汗。为此，巴基斯坦军方时常不得不跨境，追剿恐怖分子。
巴基斯坦通讯社记者阿勒亚说，巴基斯坦的恐怖爆炸次数量呈一个山形，2009年达到高点，然后开始明显下降，原因是巴基斯坦反恐行动取得显著的效果，巴基斯坦民众对恐怖组织滥杀无辜，由人人自危转向越来越厌恶，举报也越来越多。阿勒亚还说，恐怖分子也变得越来越狡猾，调整袭击目标，现在主要锁定在中小城镇的政府部门，尤其是非正规军部门和警察局。他认为，贫困和无知是恐怖和罪恶之源，巴基斯坦必须发展经济和教育。
目前，巴基斯坦反恐主要采用3D战略。第一、Dialogue(对话)，即通过对话，让塔利班放下武器，保证不再从事恐怖活动，政府既往不咎；第二、Deterrence(威慑),即如果塔利班部队不接受政府的领导，就坚决剿灭；第三、Development(发展),即在受塔利班影响的地区，建设基础设施、学校和医院，搞活经济，发展民生。
在过去近10年里，巴基斯坦对以基地组织和塔利班进行了1700多次不同规模的军事打击，击毙和抓获17742名恐怖分子，使恐怖爆炸活动从2009年下半年开始下降，巴基斯坦民众恢复对政府和军队的信心。
