对于追究东电高层以及菅直人等前政府人员的刑事责任一事，富士电视台2日评论称，当时采取的安全对策和事故的严重程度有多大关联度，将成为今后断案的关键之处；《福岛民报》则说，从事故预见的可能性、事故和伤害的因果关系等方面考虑的话，立案很困难。

然而，此前日本《产经新闻》及其旗下媒体曾不断指责菅直人，认为“菅直人当时过多介入核电站事故指挥救灾，反而导致核泄漏事故恶化”，他们呼吁“菅直人向日本国民谢罪”。

对于日本媒体的指责，菅直人也曾予以反驳和澄清。他在博客上发文，强调自己在核电站事故发生时采取了正确的措施，受到日本核电站事故担当大臣细野豪志的支持。细野豪志在核事故发生时，担任菅直人的助理，全程陪同菅直人应对和处理核危机。他公开拥护菅直人当时的做法，并称“菅直人首相做到了很多首相根本做不到的事情”。

日本法律界人士称，对前首相菅直人的起诉是“在事故发生后下达的指令、采取的措施不正确”，但是事故伤亡情况到底跟菅直人的命令有多大关系，还很不明确，因此菅直人等政府人士被追究刑事责任的可能性并不高。