“新疆自古以来就是祖国不可分割的一部分。这个结论不是凭空想象的，而是前辈历史学家对大量史料研究的结果。《新疆通史》就是要展示这个史实，做到以理服人，以史服人。大家都知道，早在汉代，新疆就归入了祖国的大版图中，中央集权开始在新疆行使主权。随之而来的是，新疆成为通向欧洲、中亚等国的大通道，是丝绸之路的重要组成部分，对`外交流日益增加，成为世界各种文明的交汇点。这让新疆的历史乃至中国的历史与世界历史、中亚历史有了密不可分的联系，如何看待这种联系，如何确立新疆在中国历史上的地位，都成为我们今天写《新疆通史》必须回答的问题。”
说到这里，吴敦夫强调说：“我们此次采用了通史体与专史体相结合的办法。大的历史沿革我们采用通史体的写法，但对一些特殊情况，我们则采用了专史体的写法。比如，我们面对新疆反分裂斗争形势，专门增加了一册《当代新疆反分裂斗争实录》，就是想告诉大家，新疆自古以来就是祖国不可分割的一部分这个铁证如山的史实。新疆的反分裂斗争由来已久，历史证明，任何人、任何组织想在这方面打什么主意都是不能得逞的。”
谈起《新疆通史》的编写，吴敦夫谈得最多的还是这样的话题：这项工程是自治区社科界最大的工程，势必需要更多的专家学者，投入更多的精力，认真地完成这项任务。为此，他们早就确定了“以我为主，举全国之力”的方针。“可以这样说，《新疆通史》编委会成员和参与该项目主体工程、基础工程、辅助工程的人员基本上涵盖了目前全国研究新疆历史或涉及新疆历史研究的专家学者。我们就是希望通过搭建这样一个平台，为今后新疆地方史研究的深入开展培养一批各民族的专家学者。现在我们各卷的主编中，既有新疆的专家学者，也有内地的专家学者。一些少数民族专家学者也成为我们的专家学者库里的人员，更有一批年轻的研究人员加入其中，施展自己的才华。再有就是想通过这项工程，出版一批较高水平的研究著作。编撰《新疆通史》当然应该在‘通’字上下功夫。但这项工程不仅仅是写好14册16卷的问题，除主体工程外，它还有基础、辅助工程，这些项目大部分选题将对新疆历史发展过程中的一些重大理论和学术问题进行深入探讨，一定能取得一大批高水平的研究成果，进而促进主体工程的编撰工作。第三就是要培养和锻炼出一支队伍。目前，参与《新疆通史》各类项目的专家学者已有200多人，我们坚信，通过这种项目培养法，一定能培养和锻炼出一支包括各个民族参加的、有较高水平的研究新疆地方史的专家学者队伍。”
说到这里，吴敦夫着重说道，《新疆通史》的编写不仅在新疆得到了广泛重视，自治区党委、政府领导多次听取汇报，及时为他们排忧解难，对《新疆通史》的编撰工作提出针对性意见；中央有关部门对此也十分关心。中宣部、全国哲学社会规划办公室的多位领导专门听取《新疆通史》编委会的工作汇报，并作出了重要指示。这都让《新疆通史》编委会感到自己身上的担子更沉重了，圆满完成任务的信心也更强了。
吴敦夫最后强调：“以史鉴今，以史为实。《新疆通史》的编写是个浩大的工程，从最初我们就考虑不能仅为写史而写史，确定了10年的编写期。现在我们更是提出了‘时间服从质量’的明确要求，目的只有一个，就是写一部经得起历史考验的史学精品，不辜负自治区党委、政府和新疆各族人民对我们的希望以及史学界对我们的期望。”
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