二是建立科学制度。制度是理论的载体，也是联系理论与实践的中介。在现实中，制度体现着特定的价值标准，约束特定的活动方式和行为模式。一般说来，科学制度具有系统性、完整性、衔接性、有效性、合理性的基本特性。其中，系统性是指制度内部各要素是一个有机的整体，而不是杂乱无章、支离破碎的堆砌物；完整性是指制度必备的各个要素是齐全的；衔接性就是指制度内部各要素之间不是相互冲突或相互重复的；有效性是指制度是符合实际的和管用的；合理性是指制度在价值取向上具有正当性。伊斯顿认为，制度、规范和程序是合法性的来源和基础，具有合法性的传递功能，它们能够把本身所具有的“规范性”合法性转换为“实际的”合法性。进入新时期以来，我们党在制度建设给予了高度的重视，并加大了制度创新力度和党的制度化建设。从整体上说，已经取得了长足的进步。但是，也存在一些提出问题：一是制度体系尚未科学建立起来。因为制度建设是一个制度体系的整体建设，涵盖了体制、机制和具体规定三个基本层面，具有一定的系统性和衔接性，而不是孤立的、单项规定。二是制度要素之间的衔接性不足。这突出地表现在党内根本制度、基本制度、具体工作制度之间还不能做到有机连接、顺畅运行，时常还会出现一些制度之间相互掣肘的情况，还需要从整体上协调党内制度的各个要素的具体实施形式和运行规则，保证制定的各项法规制度行得通、做得到。三是党的制度与国家制度之间的耦合度还不高，党内制度与国家制度之间还缺乏有机的统一，党的政策与国家法律法规时常还出现一些操作层面上的冲突和矛盾。四是制度伦理建设还没有提到战略高度，并在一定程度上影响了制度化建设的水平。因为建构制度的目的本身所蕴含的价值诉求以及对制度进行伦理评价的标准都涉及到价值问题，也就是存在制度内在的价值合理性问题。因此，提高党的建设科学化水平，内在地要求我们在党的制度化建设过程中，必须高度重视制度的价值，在制度设计过程中要按照依法执政的要求，把党的领导、人民当家作主与依法治国统一起来，在坚持民主集中制的基础上，建立健全党的领导制度、党内民主制度、纪律监督制度、权力制衡制度等各项制度，通过科学严格的制度规范，保证各项工作有章可循、有规可依而不因党内任何个人的注意力和意志的转移而改变，充分调动各级党组织的积极性、主动性和创造性，保障党员的主体地位和发挥党员的主体作用。同时，还要按照更高标准、更为严格的要求来建设党内制度，使党内制度比国家法制更为严格、具有更高程度上的先进性，发挥党内制度对国家法制建设的带动作用以及党员干部对全社会遵纪守法的带头示范作用；要增强党的制度与国家制度之间的耦合度，使党内制度与国家法制在基本精神上保持高度一致，着力以制度的形式理顺党政关系、优化党际关系，推动党的领导法制化、党政关系制度化、党内关系规范化、党际关系民主化。
三是建立科学方法。毛泽东曾经指出：“我们不但要提出任务，而且还要解决完成任务的方法问题。我们的任务是过河，但是没有桥或没有船就不能过。不解决桥或船的问题，过河就是一句空话。不解决方法问题，任务也只是瞎说一顿。”［1］（P139）同样，提高党的建设科学化水平，不仅仅是规律、理论、制度层面的问题，还是迫切需要科学方法加以具体研究和有效执行的问题。马克思主义认为，作为特定思想原则的世界观在具体的认识和实践活动中就表现为方法，方法论就是有关这些方法的理论。在不同层次上，又可以分为具体学科方法论、一般科学方法论、哲学方法论。就党的建设而言，党建作为一门科学，必须有科学的研究方法；作为一种实践活动，还必须有科学的工作方法。而哲学方法则是科学研究方法和工作方法的基础。在我们党的建设过程中，党建研究方法、党建工作方法和马克思主义哲学方法是一个有机的统一体，它们之间是相互联系、相互影响的。其中，马克思主义哲学方法是开展党建研究和党建工作的基本方法，直接影响到党建研究水平和工作实效；党建研究方法会影响到对党建问题的认识，特别是对党建理论的建构和党建工作实践经验的提炼，进而也必然会影响到党的建设的各项具体工作。党建工作方法会影响到党的建设的具体成效，也会影响到党建理论的提升和发展。从提高党的建设科学化水平来说，其集中体现在党建研究的水平和党建工作的水平两个方面。因此，党的建设科学方法主要涵盖着党建研究科学方法和党建工作科学方法两个方面的内容。