保障性住房建设有五大难题亟待解决：筹资难、用地难、监管难、运营难、显效难，当前，需加快完善相关法规制度和政策体系，落实责任，强化监管，逐步形成政府保障和市场机制结合的住房供应体系。
保障性住房建设是促发展、惠民生、保稳定的重要举措。“十二五”规划纲要确定，未来五年建设保障性住房、棚户区改造住房3600万套，其中2011年开工建设1000万套。目前，各地保障性住房建设正处于高峰，但相关的政策、配套措施并不完善，有五大难题亟待解决。
第一是筹资难。
2011年建设1000万套保障房约需资金1．3万亿—1．4万亿，中央财政安排约1300亿元，各级政府通过预算内安排、土地出让收益以及发行债券等方式筹集大约5000亿元，还需通过市场筹集资金约8000亿元。为弥补资金缺口，各地探索了发行企业债、信托基金等多种融资渠道，但总体规模不大，融资成本也相对较高。一些银行认为保障房项目关联方多，情况复杂，特别是公租房和廉租房项目还款来源不确定，风险较大，贷款投放较为谨慎。总体而言，由于保障房建设资金回收周期长，利润空间小等因素，各地保障性住房建设资金仍以政府投入为主，社会资金参与融资的积极性不高。
为此，要逐步建立和完善保障性住房建设的资金支持机制，加快完善政策环境，出台针对保障性住房尤其是公租房的中长期低息贷款政策。要保证保障房开发的合理盈利空间，探索可持续的开发建设模式，创新投融资机制，有效利用保险、信托、社保等长期资金，积极吸引企业参与保障房建设。丰富金融产品设计，推行权益型房地产投资信托基金（REITS）试点等。
第二是用地难。
随着我国工业化、城市化的深入发展，城市建设用地供需矛盾较为突出，地方政府新增建设用地数量受到用地总量控制指标的严格限制。为了确保经济增长和增加财政收入，地方政府倾向于优先安排大型经营性项目建设用地。在住宅用地上，不少地方为了获得更高的土地出让收入，把商品房用地作为主要供给对象，保障房用地在计划指标中占比不足。根据国土资源部2010年用地供应计划执行情况公告，全国30个省区市（不含西藏和新疆建设兵团）住房供地计划实际完成12．54万公顷，其中保障性住房用地2．47万公顷，仅占住房用地总量的19．7％。此外，存量土地供给受拆迁难、征地和用地手续复杂等因素限制，获取土地时间长、成本高。
因此，为解决用地难问题，有必要将保障房用地指标单列，以避免一些地方政府为获得高额土地出让收入而将土地主要用于商品房，挤压保障房用地的现象发生。同时，引导和鼓励地方进一步拓宽保障房用地规模，如规定有关房地产开发企业在取得商品房用地时需配建一定面积的保障房。目前，北京、兰州等地方政府已探索实行了“限地价、竞租赁房面积”方式，从原商品房面积中“抠”出一部分面积，“贴补”给公租房，北京市部分公租房项目开发建设还试点实行土地年租制。此外，可考虑推进在集体土地和单位土地上建设公租房，同时明确规定单位自建公租房的供给对象必须符合统一的公租房申请条件且坚持只租不售原则，避免其转化为传统体制的单位福利分房。
