一、公务员地区附加津贴制度面临的难点
近几年来，我国已经开始对公务员地区附加津贴制度进行探索，但是要出台科学合理的公务员地区附加津贴制度还面临着几方面的难点问题需要解决。
第一，在制度设计层面，公务员内部公平和外部公平难以寻找到平衡点。
内部公平是指公务员队伍内部要实现分配上的公平合理。我国正式公务员约为800万，这些公务员分布在不同地区、不同部门，从事着不同性质的工作。目前实现内部公平的重点和难点在于合理控制不同地区公务员的收入差距。但是，在中央财政与地方财政“分灶吃饭”的大背景之下，各地能够根据自己的地方财政状况为公务员支付不同名目的“工资”。由于中国经济发展水平不平衡，地方财政情况千差万别，地方政府的公务员工资分配偏好也不同，这就直接导致了地区间公务员收入分配差距过大。
外部公平是指公务员收入要与社会外部其他职业的收入水平做到公平合理。在计划经济时代，我国针对人员身份进行管理，人员的“级别”成为各类人群确定工资水平的基础，公务员收入的外部公平容易实现。但实施市场经济后，原有的级别秩序和可比性被打破。由于企业和事业单位在市场中的情况千差万别，人员收入水平差别很大，导致公务员收入的外部公平难以简单实现。
对于制定公务员地区附加津贴更具有挑战性的是，公务员收入分配中的外部公平、内部公平交织在一起，难以兼顾和平衡。如果各地为了解决当地的外部公平问题，就要将当地公务员收入水平向当地市场工资水平看齐，但这势必带来地区之间的不公平问题；同样，如果为了消除地区之间的收入差距，拉平不同地区公务员收入，这又带来公务员与当地市场工资水平的不平衡。
第二，中央层面缺乏客观、易获取的指标和数据来确定和控制各地公务员津补贴水平。
根据2006年工资改革方案，地区附加津贴主要反映地区经济发展水平、物价消费水平等方面的差异，也就是说地区附加津贴的水平应该由能够反映地区经济发展水平、物价消费水平等指标水平来共同决定。
但是，寻找客观的、易获取的相应指标数据却并非易事。常用于衡量地区经济发展水平的GDP指标，近年来已经饱受诟病：一方面社会舆论认为地方GDP统计存在造假成分，其可信度值得怀疑；另一方面人们开始怀疑目前以GDP作为地方政绩考核指标已经产生很大的问题，如果把GDP作为制定当地公务员地方津贴水平的依据，势必强化地方政府对GDP过分重视程度。另外，最能够衡量地区物价消费水平的指标是购买力平价指数（PPP），但是这个指标在数据来源上也有两个问题：一是目前我国统计部门只统计CPI指数，即某地区纵向而言不同时期比较的价格水平变化数据，并没有同一时间不同地区之间横向比较的价格水平差距；二是房价因素在CPI指数的统计中并没有纳入，而房价因素恰恰是影响当地生活物价水平最大的因素之一。还有诸如当地社会平均工资等指标同样面临不能够绝对客观、地方政府既有操控性的缺点。
缺乏客观、易获取的指标和数据，就使得地区附加津贴制度的核心——津贴水平的决定因素和调控因素无法确定，因此制约了地区附加津贴制度出台的步伐。
第三，在公务员地区附加津贴的水平决定机制上，难以找到具有说服力、科学的方式，让公务员和社会公众都满意。
公务员工资是人们关注的焦点问题之一，这导致公务员的工资向来无法独善其身。我国目前事业单位绩效工资改革的“三步走战略”还没有完成，其中的核心难点也是事业单位绩效工资水平的决定机制。因此，在这种背景下制定公务员地区附加津贴制度，其水平决定机制不仅需要科学，而且需要得到人们的普遍认同。过去有学者提出公务员工资水平应该参照社会平均工资，但是公务员认为这并不合理，因为公务员的人员素质结构较高，不能简单与社会平均工资进行比较。也有学者提出公务员工资水平应该与国有企业员工工资水平挂钩，但是社会民众大多持反对态度，认为这势必带来公务员和国有企业员工工资水平轮番上涨的现象。总之，公务员津补贴水平难以找到合适的水平决定机制，水平过高就容易引发不利的社会舆论，甚至会加大事业单位绩效工资改革的难度；但水平过低，则可能引起公务员的不满，影响公共服务的水平。
