首先，要深化对中国历史中的思想性因素的整体观察。由儒家经学、诸子学说、宗教思想乃至关于科学与科技的思想所构成的中国思想，到底包含哪些内容，侯外庐曾经有所概括，指出它包含三个主要层面：世界观（哲学思想）、逻辑思想、社会意识。研究思想史关键是要揭示出哲学思想、逻辑思想和社会思想（包括政治、经济、道德、法律等方面的思想）的内在联系，以及这个思想体系发展的基本历程。今天的思想史研究不仅要更加准确地揭示思想体系各要素的内在联系，更加需要研究中国思想性因素的格局性特征，也就是各种思想体系多层次并存的复杂结构。格局结构是事物具有的逻辑结构。用格局分析视角观察思想史，思想史会呈现为一个由不同历史时期、不同层次的人类心灵开显的序列。我们会发现：第一，思想史不完全是真理与谬误相厮杀的战场，不完全是真理不断战胜谬误的历史，而是一个不断发现真理、定位真理、超越真理的历史。思想史上不同时期的每个思想体系都包含真理，但都只是特定层面上的真理。第二，任何两个思想体系之间，或者逻辑上是等价的关系，或者是不同层面的关系。第三，相邻层面上的思想体系之间，具有特定的反身重构的逻辑对应关系。

其次，要加强对中国历史中的思想史因素的文化功能的研究。思想观念的研究不能局限在以思想解释思想，今天需要有更加宏大的视角，将思想的功能与文化联系起来。思想与文化联系密切，思想的文化作用的产生，总是要与人们的生活实践发生内在联系，它一般表现为三个层面。一是改变形而上的信仰。在建立解释自然、社会、人生的知识系统时，中国思想总会有一个逻辑起点，它往往成为思想最牢固的基础，左右人们对于文化的信仰。只有当这个基础被动摇或被改造之后，人们对文化的信仰才会发生变化。二是渗透人们的知识体系。一定的知识系统总与当时人们的思想水平相联系。思想通过一系列相应的概念、命题转化为理性化的知识形式，并建构与思想信仰相统一的价值趋向。思想的基本内涵不变，知识体系不会发生变化。思想的基本内涵变化，知识体系也将随之变化。三是通过人们的社会生活，它既包括人们的政治生活，也包括人们的日常生活，甚至包括某些特殊的仪式和禁忌。如何准确揭示思想与文化的互动，确实需要更加深入的思考。