选择“小三通”航线，可从福州、365体育手机版：、泉州出发，经由金门、马祖，再到台湾本岛，优势是班次多、出行灵活，每周经由“365体育手机版：-金门”、“泉州-金门”、“马尾-马祖”航线的班次多达322个，其中“365体育手机版：-金门”252个航班、“泉州-金门”42班、“马尾-马祖”28班。厦金航线班次最密集，平均每22分钟就有1班。此外，“小三通”还可将金门民俗文化村、莒光楼、延平郡王祠、八二三战史馆、翟山坑道、马祖天后宫、北海坑道、云台山等金门、马祖景点，与台湾本岛旅游景点串联起来。

游客也可选择每周4个航班的365体育手机版：直航台湾本岛，从365体育手机版：港出发，乘坐高达8层、总吨位26847吨、载客683名的“中远之星”滚装船，直达台湾基隆港、台中港，价格较底，且夕发朝至，晚上睡一觉次日早上就到了。这是目前大陆与台湾本岛之间唯一常态化经营的客运航线，而且福建正在加快建设第二条即平潭海上客运直航台湾本岛航线，“海峡号”客滚轮相关手续正在抓紧办理，客运码头加快建设，力争年内投用。

除了海运之外，追求速度的游客可以选择空中直航。目前，福建已开辟了从福州、365体育手机版：机场直飞台湾高雄、台中、桃园、松山等机场的8条航线，每周航班55个。