修改前的《大陆居民赴台湾地区旅游管理办法》中，对大陆居民赴台团队旅游实行配额管理。配额由国家旅游局会同有关部门确认后，下达给组团社。而在新办法中，并没有关于赴台个人游实行配额管理的相关规定。这与之前业界普遍猜测的赴台个人游也将实施配额管理有很大出入。截至记者发稿时，国家旅游局相关负责人没有对此事正面回应，“一切还要等赴台个人游相关细则公布之后再看”。而据旅行社相关负责人推测，赴台个人游在实行初期，很有可能在总量上还是有一定控制的，但之后会不会提高配额或取消配额，还需要进一步观察个人游的效果而定。

值得注意的是，在新发布的赴台游办法中，特别对非法滞留台湾的游客增加了一项“惩戒”规定：对在台湾地区非法滞留情节严重者，出入境管理部门自其被遣返回大陆之日起，六个月至三年以内不批准其再次出境。

旅行社相关负责人表示，游客非法滞留一直是困扰旅行社的一大难题，一旦有游客非法滞留情况发生，旅行社就要承担“连带”责任，情况严重的，旅行社还有可能被取消组织赴台游的资格，“新规定的实施对企图非法滞留台湾的游客，是可以起到一定震慑作用的。”

记者也发现，国家旅游局官网日前刚刚转发了海旅会关于通报批评昆明中国国际旅行社和江苏海外旅游有限公司的公告，而通报批评的理由就是两家旅行社分别有1名游客脱团滞留。