奥巴马在一份声明中说，尽管签署这一法案，但他对于法案中有关恐怖嫌疑人关押、审讯及起诉等内容仍“持严重保留意见”。

该法案规定，凡被认为是“基地”组织及其分支成员、参与策划或实施对美国袭击的嫌疑人都必须由军方关押，但这一规定不适用于美国公民。白宫对此提出异议，称这一规定将制约总统权力，并一度威胁否决该法案。迫于白宫压力，国会对法案进行了修正，增加了一项内容，明确表示新规定不会影响联邦调查局等执法机构处理他们抓获的嫌疑人。同时总统也可因国家安全需要，放弃将恐怖嫌疑人交由军方处理，而由刑事法庭审判。