配合“行政院”组织改造，“工程会”未来将一分为三，并入其他部会，自称“末代主委”的李鸿源，经常挂在嘴上的是，“要带领同仁干几件轰轰烈烈的事”。果然不到一年光景，“工程会”在解散前解决多年未解的高铁地层下陷案，也替蚊子馆开辟新面貌，让这个即将要被裁撤的冷部会“活”了起来。

李鸿源虽在台北县副县长任内，因为和“立委”高金素梅传出绯闻去职，但他仍不时以民间学者身份针砭水利问题，尤其去年日本三一一地震发生不久，马当局借重他在水利工程与土地保安方面的长才，延揽加入行政团队。