特侦组后来就讯陈水扁，扁一度辩称：文件看完就给幕僚，幕僚怎么处理，他8年都不知道。但据马永成、林德训及陈心怡等幕僚证词，扁对各机关的报告或机密资料，长期指示陈心怡专责保管。

陈心怡表示，“这些资料先由陈水扁审阅后自己放在办公室堆置或保管，后来数量愈来愈多，陈水扁交代我负责保管”“没有指示缴回或销毁”。

陈心怡证称，扁卸任前指示将他任内持有的文书及机密资料，一律打包送到卸任办公室。她依指示找工友将原本存放在办公室、秘书室主任办公室柜子、以及四楼西大门侧库行内的资料，都运到扁办，“卸任前一天还打包了17箱。”