10月4日，7艘中国导弹驱逐舰通过宫古海峡，让日本大为震惊。尽管这不是中国军舰首次穿越这一海峡，日本官方也一再强调“中国舰队穿越公海没有进入日本领海、不违反国际法”，日本媒体仍就此大做文章。《产经新闻》6日发表社论老调重弹“日美联手抗衡中国的威吓”，称野田政权不能对此退缩，而是要加强警戒和监视，做好保卫领土、领海的准备，“日美同盟作为对中国的抑制力十分重要”。该报还发表对美国国际战略问题研究所高级研究员拉里的采访称，预计今后中国将派出大约100人左右的“活动家”登上钓鱼岛，并留在岛上以挑战日本对该岛的实际控制。“这是日本最应该警戒的。”拉里还称，中国目前还不具备进攻钓鱼岛的军事能力，数年之内不会动武，但“中国仍会把军事行动看成一个选项，并为此强化军备”。

7日，共同社等多家日本媒体报道称，中国西安市兴庆宫公园内的日本遣唐使阿倍仲麻吕纪念碑被喷上油漆，该纪念碑是根据西安市和奈良结为友好城市的协议所建，这被解读为中国民众在钓鱼岛问题上对日本的“报复”行为。日本《中日新闻》7日称，众多中国人在十一黄金周出国旅游，但曾经备受欢迎的日本名古屋却鲜见中国游客。共同社6日称，担忧日中经济降温的日本经济界开始出现敦促日本政府开展对话的声音。日本经团联会长米仓弘昌表示，“将中国视为问题的事称为‘没有问题’，这一点实在难以理解。”

5日，日本外相玄叶光一郎突然表态称，希望早日重启日本和中国台湾关于台湾渔船在钓鱼岛周边捕鱼的渔业协议谈判。《朝日新闻》称，这是日本外相向台湾发出的“爱之呼唤”。《读卖新闻》分析称，日本外相对没有外交关系的台湾发出呼吁“实在是异常特例”，此举的目的应该是为了“防止中国大陆和台湾联手在钓鱼岛问题上对抗日本”。此前，日本外交专家曾提议，日本在同中国大陆强硬对抗的同时，应尽量满足台湾对钓鱼岛周边渔业权的要求，打消大陆和台湾在钓鱼岛问题上联合反日的可能，同时团结东亚其他与中国有领土纷争国家，孤立中国。