根据协议，教育部将围绕福州大学改革、发展、建设等方面给予以下扶持：

1.指导和帮助福州大学制定战略规划和学科建设规划。

2.加强对福州大学在教学、科研、学科建设、师资队伍建设等方面的指导和支持，推动福州大学在体制机制方面进行改革创新。

3.教育部将在相应的重点学科、重点实验室、工程中心、博士点、人才培养基地等有关布点和建设中将福州大学纳入整体规划统筹考虑。

4.支持福州大学积极开展协同创新，设立校级计划，加强前期培育。

5.在教育部“ 长江学者奖励计划”、“创新团队发展计划”、“新世纪优秀人才支持计划”、国家“本科教学工程”立项建设、增加博士生招生指标等方面给予优惠政策和扶持。

6.支持福州大学与清华大学建立全面合作长效机制，推进清华大学在干部交流、师资培训、学科建设等方面对福州大学的对口支持与合作。

7.推动福州大学与教育部直属高校的相互学习和信息交流。支持和指导福州大学推进国际和闽台教育交流与合作。