两岸互设办事机构部分，马英九指出，早在4年多前，前海基会董事长江丙坤第一次拜会海协会长陈云林，陈云林就已经提出来了，如今台湾每年去大陆有700万人次，在大陆却没有办事机构，陆客来台也需要办事机构，两边交流发展到这个程度，互设办事机构已经水到渠成，至于怎么设？台湾必需要立法、“国会”监督。

他说，大陆配偶本来要8年才能拿到身分证，他上任后虽然改为6年，但外籍配偶4年就可领身分证，未来要比照办理，陆配的工作权应与身分证无关，要逐步调整，也就是陆配经获准依亲居留者不须申请许可，得在台工作；另外，陆生的条件也会放宽、三限六不也会调整，还有陆生纳入健保等，这样才可能吸引一流的学生，未来问题也可解决一大半。

马英九强调，要做这些事主要基于三个思维，一是两岸年轻人若能早日互相认识交朋友，对两岸长远互动有帮助；二是能促进两岸年轻人既合作又竞争，增加年轻人的竞争力；三是台湾的大学资源丰富，闲置资源应擅加运用，让陆生来台就读，将台湾打造成亚太教育重镇，此外也可吸引东南亚学生到台就学；如果台湾的大学有因招不到学生而退场的话，对投入教育事业心血的人来说是一大打击。