今年年初以来，社会上风传一种叫做“阴性艾滋病”的神秘病毒，部分疑似患者声称感染不明病毒后出现类似艾滋病的症状，但血液检测ＨＩＶ却呈现阴性，这一事件引起了部分公众的恐慌，一时流言四起。钟南山迅速组织广州医学院第一附属医院骨干力量对来自全国１６个省份的自述疑似艾滋病毒感染人员进行系统临床观察和研究，以权威的临床数据揭示了‘阴滋病’的真相，证实“阴滋病”的不少症状由已知病毒引起，给予公众一个科学的解答，消除了疑似患者的顾虑。见证了这一研究过程的广州呼吸疾病研究所副所长郑劲平说，“阴滋病”的研究体现了钟南山从事科研的一贯风格：“严谨独立，用数据说话，绝不墨守成规。”
从教几十年，钟南山更是一位桃李满天下、锐意创新的教学名师。２０１０年，为了推动医学教育改革创新，培养更多拔尖人才，钟南山亲自参与挑选和面试，从广州医学院２０１０级４１６名临床医学专业新生中选拔３２名成立“南山班”，并亲自担任班主任。“南山班”一改传统医学院校大班授课、临床实践不足的落后教学模式，实行小班教学，鼓励动手实践，增加师生互动，培养学生国际视野。钟南山在开班仪式上说：“希望我班上的学生从一年级起就能亲身接触病人，我们的目标不是培养英语流利、却去国外实验室做高级打工仔的人，而是创新型的中国医学实用人才。”
钟南山常常对自己的学生说：“不要只满足于做一个医生，而要努力成为一名出色的临床医学家。”钟南山勉励学生，学医不能仅仅为了谋求一个糊口的职业，而应更多地考虑增进人民的健康和福祉。
广州呼吸疾病研究所博士后李慧灵跟随钟南山学医多年，她印象最深刻的是“钟老师”的听诊器，那是一副双管听诊器：呼吸科医生最常用的诊断工具就是听诊器，一般的听诊器为减轻重量，便于携带，只用一根橡皮管；而“钟老师”的听诊器是双橡皮管的，因而比普通的听诊器重很多。“这个听诊器虽然很笨重，但是钟老师喜欢它，看病人的时候从不离身，因为用它做听诊时，可以听得更清楚。”
