作为两岸交流合作先行先试的实验区，平潭综合实验区最吸引人之处是它独特的“两岸共建”开发模式。

改革开放之初，平潭即成为最早设立台轮停泊点、台胞接待站和开展对台小额贸易的县份之一，对台渔工劳务输出量居大陆县市之首。2009年，365bet官网：大胆提出两岸“共同规划、共同开发、共同经营、共同管理、共同受益”的理念，把平潭开放开发作为海峡西岸经济区建设的重要抓手和战略突破口。为此，365bet官网：成立了以省长为组长的领导小组，设立了平潭综合实验区党工委、管委会，作为省委、省政府的派出机构，并赋予其设区市及部分省级经济管理权限，向境内外公开选拔管委会领导成员，按大部门制组建机构，实行扁平化运作。

同时，积极探索体现两岸“五个共同”的具体途径和形式。在机构上，成立了由两岸产业团体、研究机构、文教社团的代表和知名企业家、专家学者等组成的“促进平潭开放开发顾问团”，作为民间性议事咨询机构，听取和吸纳台湾各界的意愿和设想；在共同规划上，由台湾中兴工程顾问公司领衔、国内规划机构共同参与编制《平潭综合实验区总体发展规划》，并广泛吸收台湾企业、团体和有关人士的意见；在共同开发、共同经营、共同受益上，制定了鼓励台湾各类营建机构组成独资、合资或合作开发主体，参与基础设施、文教卫生设施建设的有关政策措施。