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1938年后，叶飞任新四军团、旅长、副师长

抗日战争时期，在新四军建军历史的几个关键阶段，中共中央和毛泽东对新四军的战略发展方针发出一系列指示，不仅对新四军的发展和建设起到了重要的指导作用，而且也是引导新四军不断发展壮大、走向胜利的重要保障。

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抗日战争全面爆发后，国共两党实现第二次合作，将中共在南方8省14个地区坚持3年游击战争的红军游击队，统一改变为国民革命军陆军新编第四军。全军共4 个支队8个团。叶飞率领的闽东红军独立师奉命下山，于1938年3月下旬到达皖南岩寺，被改编为新四军第三支队第六团（代号良团），叶飞任团长，副团长阮英平（不久即由吴焜接任），下辖3个营，共计1300余人。

经过短暂整训后，新四军第一支队在司令员陈毅率领下，于6月中旬挺进苏南茅山敌后；第二支队在司令员张鼎丞率领下，于7月进入江宁、当涂、溧水、高淳地区；第三支队由副司令员谭震林率领，于策应一、二支队挺进苏南后，经宣城、芜湖开到泾县军部附近的铜陵、繁昌、南陵地区。数月后，军部将第一支队第一团和第二支队第三团先后调回皖南整训。而叶飞率第三支队第六团的第一、第二两个营赴茅山地区，改属第一支队领导。

1938年10月1日，第六团东征苏南，挺进茅山，在从皖南到茅山的8天行军途中，就与日伪军打了7仗，提高了对日作战胜利的信心。当年12月23日，叶部正式归入第一支队建制，从此，叶部便在陈毅麾下转战大江南北敌后，逐步发展壮大成为威震敌胆的主力。

到茅山后，叶飞率第六团克服了种种困难和不利条件，很快适应了丘陵和平原地区的游击战争，以夜袭、奔袭、奇袭和伏击等战术，取得了白兔、宝埝、延陵等一系列战斗的胜利。为此，支队司令员陈毅于1939年5月特地写了一封题为《献给良团全体同志》的信，信中写道：“我首先指出良团的艰苦作风，是本军中最突出的。回想在去年冬天，大家不发用费，用茶叶当烟吃，用烂棉絮包脚当鞋穿，每天吃两餐，甚至无菜吃，吃光饭。而你们能做到逃兵很少，能继续争取战斗胜利，维持模范纪律，这是我军优良传统的保持和发扬。这是我良团的特色，可做本军的模范。”“我们今天不应讳言，在最初东征时期，你们中间曾经有极少数人过高估计日寇的战斗力，但是你们经过6个月的战斗，在白兔、在高庙、在宝埝、在下蜀、在龙潭、在延陵，你们与日寇交手，打败了日寇。”

尽管打了不少胜仗，但由于受到国民党的羁绊以及王明“一切服从统一战线”右倾思想的影响等原因，部队的发展还是受到了一定的限制。